正確に言うと、債務不履行ということになるんでしょうか。業者さんからは交換をし取り外した際の穴も補修をするというご提示があるようですが、誠意ある対応だと思います。そこで外壁を張り替えてほしいというお願いは過剰な要求と一般的にはとらわれてしまうでしょう。その穴が最終的に隠れてしまう箇所ならなおさらです。ポコさんは見た目よりも機能的なご心配をされているんだと思いますが、その部分も含めて対処をしてくれる様子ですので、その対処で本当に大丈夫なのかを再確認した上で、その保証内容も担保を取りつつ、交換と補修をしてもらうのが一番だと思います。
金銭での解決となると相場なんてないと思いますが、ポコさんが納得いく金額を要求してみてはどうでしょう？ただし、その工事金額いないですよね。実際、その事によって交換と補修工事の原価価格がなくなるわけですからその辺を考慮すればよいのではないでしょうか。
採光の件は明らかな事前説明不足ですが、これは法規上どうしようもありません。違法ではありますが、実際にリフォームで検査等はないかと思いますし、それで何らかの損をすることは可能性として低いと思います。クロス品番の件もご提案が遅かったとは思いますが、どうしようもなく何か物理的な損失（グレードダウンなど）はないと思われます。このような感情的な問題を抱き合わせてしまいますと、お話がややこしくなってしまうだけかと思います。解決されたことはひとまず置いておいて、テラスの件はその件で解決することがより良く思うのですが、いかがでしょうか。

ちなみに採光の件は、要は違法行為を容認して工事を行うようになるかと思いますが、テラスの方は大丈夫ですか？延床面積が増えるのであれば「増築」となって、建ぺい率や容積率が違法範囲になってしまう可能性がありますし、増築も１０平米以上であれば確認申請が必要です。採光の件でそういった指摘があるのであれば、こちらは大丈夫かと思いますが。