間違っているかもしれませんが,解答が無いようなので,一応,こんな意見もあるということで。
2×4に使われている構造材は何でしょうか。
一般的な構造用合板ですと,あまり水には強くないので,できるだけ早く,透湿防水シートを貼る方が望ましいように思います。
断熱材が濡れないかという点に付いては,合板の厚みは大体12ミリメートルはあると思いますので,簡単に裏側まで水が透過する心配は無いと思います。
業者さんの仕事の段取りの関係で,先に,断熱材の施行になったのかもしれません。
もちろん,,先に透湿防水シートを貼る方が望ましいとは思いますが。
恐らく屋根工事までは完了したのでしょうね。
2×4は下から上に作っていくので,途中で雨に降られると,結構,つらい時があります。
その点,先に屋根を作る,木軸工法は利点がありますね。

あと，細かい点ですが，断熱材のことを心配されるようでしたら，家の内側に石膏ボードが張られる前に，断熱材の充填がきれいに行われているか確認されるといいと思います。
あまり凸凹していないか，内側のシートは隙間無くきれいに貼ってあるか。
断熱材の抜けているところが無いか。
筋交いを使う木軸工法はこの点が面倒ですが，２×４はこの点は有利になりますね。
恐らく大丈夫でしょう。