カビはあらゆる生物の中で、最も生命力が強い生き物であるとも言われています。
従って、条件が整えば、どんなところにもカビは生えてきます。
実に、原子炉の中にもカビが生えていたことが報告されています。
それで、昔の隙間だらけの風通しの良い家で、しかも暖房もほとど無かった時代には、塗り壁はかびないというのは、ある程度は常識で、左官屋さんの言葉には嘘は無かったと思います。
しかし、最近の気密性が増した住宅で、しかも暖房を付ける様になると、漆喰でも珪藻土でもカビが発生するのはやむを得ないことです。
そこで対策ですが、以下のことを心がけることをお勧めします。
1:湿気を外に出さない暖房器具を使う。
具体的にはエアコン、電気ストーブ、床暖房、パネルヒーター、FF式ヒーターなどです。
ファンヒーターや石油ストーブやガスストーブはいけません。
2:換気を良くする。
トイレ、風呂場の換気扇は常時回すことを心がけましょう。
居室に換気システムがなければ、これも設置する方が望ましいです。
この場合、湿気を排出できるタイプがお勧めです。
もしも、1の対策だけで、湿度が45パーセント以下になるようでしたら、換気システムは無くても大丈夫でしょう。
3:正確な湿度計を置いて、湿度が45パーセント程度になるように工夫しましょう。
これらを心掛ければ、カビ対策としてはかなり有効です。
既に生えたカビをどうするかは左官屋さんとの話し合いになると思いますが、先にも述べましたように、条件さえ整えばどんなところにもカビが生えるのは自然の理ですので、左官屋さんの言葉に責任がないとは言えないものの、全てを無償でやり直してもらうのはちょっと気の毒かなと思いました。
そして、仮に全てやり直しても、先に述べた改善策を講じない限り、カビが再び生えるのは必至です。

少し補足です。

まず珪藻土が完全に乾燥しきっていない可能性が高いです。塗るものにもよるのですが、新築ですと施工後１週間以上乾燥させ次工程に進む材料もあります。それで数週間後お引き渡ししても、直後と２年後では全く湿度が違います。その間も乾燥が進行しているんですね。今回はリフォームのようですので、乾燥時間が短く窓を閉め切ってしまうと乾燥が余計に進まない状態が続いていると考えられます。電気代がかかりますが、除湿器などを１日じゅう回して乾燥をさせると壁が乾いて調湿効果も出てくると思います。換気と言いますが、窓を開けて換気をすると局所的に乾燥したりしなかったりとムラが出て珪藻土の剥離を生む場合があるので、除湿機が最適だと思います。

それからマンションの窓周りということですが、窓周りや角の隅っこなどは断熱性能が落ちるので結露が起こりやすい場所です。断熱材を隙間なく補強をして仕上げ直すと結露がしにくくなると思います。左官屋さんだけの工事ではなくなりますが。

前者を試していただいて、どうしてもの時は後者をお勧めします。