拡大写真は１枚目の右手前の部分でしょうかね？もしかしたら、土台の寸法を切る際に多少ツノを出しているのかもしれませんね。角なので柱が乗ると思いますが、柱を乗せた際に土台が縮んで柱より小さくなると不格好なので少し大きく土台を伸ばしておいて後で柱に合わせて切るという方法です。今あまりやりませんがプレカットやさんの設定がそういった設定になっていることがあります。そしたら何も問題ありません。その場合、上棟して柱が建つと、土台が少し飛び出た形になります。
そうじゃないと柱も基礎からはみ出しているということになりますから、大きな心配はないでしょうけど、好ましくはない状態ですね。施工者に事前に問い合わせて安心をしたいところではないでしょうか。