「デザインを抜きにして縦、横で総合的にどちらが・・・」
総合的に言ったらどちらが良いということはないと思います。ただ、ｒｓｇｅ８さんのご指摘事項も当たっていて、私もデザイン抜きにしてどっちがいいか問われたら横張がいいって答えるかもしれません。しかしながらそこまで劇的に違うのかと言ったらたいした違いは出てこないんじゃないかなって思います。通気に関してもおっしゃる通りですが、縦張りの場合横向きに取り付ける通気胴縁は一定間隔ごとにすき間を開けるなどの対策は施されています。空気の流れはそれほど滞ることはないと思います。サイディングの裏側に入った水が下に流れにくいのも確かですが、そこまで大量の水が流れるかどうかです。少量であれば、きちんと通気が取れていれば乾いてしまいます。柱に留め付けられると言えば横張りにメリットがありそうですが、しっかり下地が留めつけられていれば極端にはがれやすい反りやすいといったことは考えられないと思います。

内側に釘が出ているのは・・・厳密に言えばそれはそうなっていない方が望ましく、全てが柱や間柱に入っているのが良いですが、構造用合板を張られているみたいなので、逆にどこでも釘が効きます。なので、全てを柱に命中させようとははじめから職人さんも思っていないと思います。構造用合板を張って防水紙の上から釘を打つ際、間柱を狙うのは至難の業です。確実にやろうとすると防水紙に墨を出して行うようになりそうですが、防水紙には住みは付かないので油性マジックなんかで印をつけるようになるんですよね。現実的にはかなり手間がかかるので一般的ではないと思います。構造用合板がなければそういったことはあまりないと思うのですが。屋根がコロニアルなんかだと野地板裏にも釘がたくさん出てると思います。釘の効き具合が不安であれば太め釘を使ったりもします。