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地面がでこぼこしているというよりは転圧不足で締め固まっていないためにさいころを押したらへこんでしまったという感じですね。かぶりも少なくなってしまいますし、転圧不足であればそこも不安様子です。といっても基礎工事終わってしまっているんですね。その後の保証関係、瑕疵担保保険関係をよく確認しておきましょう。

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ボルトの位置に関してはまず鉄筋を中心にするというのが通常は基準でそこにボルトを緊結するわけですから、少しボルトが芯よりもずれることはよくあります。見たところ特別偏ってずれているようには見えません。仮にボルトを芯にすると、鉄筋がずれるわけですからその分基礎を厚くしないとかぶりが取れなくなるわけです。ナットのかかりですが、ボルトが下に沈んでしまったんでしょうかね。昔はナットのかかりは突き出たボルトの山が３山以上とかって基準があったのですが、今のネダレス対応のこのナットは飛び出ないようにするためこういった形状となっています。自分はこの土台の上面から５?位下がった位置を目指して基礎屋さんに施工してもらうようにしていますが、下がってしまうこともあるでしょう。あまりに下がりすぎて不安であれば、座掘りといって少し土台の木を掘り下げてからナットを締めるとかかりが増えます。といった対応をします。

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本来捨コンというのは設計上は地中に埋まる高さにあるはずですので、こういった状況にはなりにくいんですが、基礎を作る際になるべく残土を処分しなくて済むように、地面をあげて設計すると、このように捨コンが地面より高い状況になりえます。このこと自体は手抜きでも何でもなく行われることは多いと思います。この写真だと、さらに手前側の地面が下がっているために土がこぼれそうになっていますね。これでは１００％の転圧はできないと思います。この場合この手前側に段差ができないように土を入れて施工を進めるか、深基礎にするべきだったと思います。

細かいことを言っては家は建たないというのはまぁほんとのことですが、少し心配ですね。ただ極端にこれじゃダメだとも言い切れないぎりぎりの線です。今後の点検や保証体制などをよく確認（書面にて）しておくべきでしょう。