「無い」事に関しての、安全か否かのジャッジは基本、全ての図面を見なければ、判断できません。

「検査」というのが、何の検査か判りませんので、お答えしようがありませんが、「瑕疵保険」の検査であれば、柱の位置関係、スジカイの状態は検査して然るべきでしょうね。

下地を貼った、、、と書いてありますが、下地を貼ってしまうと、スジカイは入れられません。合板の耐力壁なのかな？と思いますが、そうであれば、柱があっても、齟齬は無いはずですし、そもそも、どうして抜く必要があったのか？（例えば、そうしないと、スジカイの量が足りない。。。とか）の合理的な理由はあるはずで、その辺りは、モヤモヤしたままでは無く、ちゃんと、説明して貰ってください。

抜くことが悪いのではなく、モヤモヤが後々まで、精神的なストレスになるかと思います。それは、避けましょう。。。