弘前 さん
※新築一戸建てを購入したのですが、契約時に図面で汚水配管は家の外を回す事になっていました。
しかし、引き渡し時に確認したところ床下を回しているとの事。
建築中に変更があれば協議の上で変更すると契約書に記載されています。

Ａ：変更をみとめましたか？

※汚水配管のルート変更は出来るが基礎に開穴工事を行うため契約にある基礎の保証は無くなると、メーカーから連絡が来ました。

Ａ：メーカーの承諾ミスです。自社のミスで保証がなくなる・・・・・何か変ですね
なぜ、保証はなくなるのか、確認してください。

※契約通りの家と保証をして頂きたいのですが、・・・・
Ａ：施工者のミスで保証がなくなる？？？？施主の変更要求なら納得できますが・・・

※汚水配管が床下に有るのが嫌な理由と致しましては、以前ベタ基礎内に汚水が漏れていたお宅にお邪魔した際の悪臭がひどかった事があるからです。・・・・そのような事が無いように外回りを選択しておりました。
Ａ：基本として埋設管等は、後で補修できるようにすべきです。
　　マンション（Ｍ）では、埋設管は出来るだけアプローチ出来る部分とします。又、工事できない埋設管は設けずピット内配管とします。後々のメンテ配管、排水管更新のためです。

ご参考にしてください。

建物の外回りの排水管が、契約時の図面と経路がちがっているという内容ですが、弘前さんの希望はできるだけ床下を通さないで外に出したい(契約時の図面の通り)。一方、実際には床下を通っている部分がある。この相違で問題になっているようですね。

正直なところ、建築中に配管経路を変えることはあり得ます。理由としてはいろいろとありますが、
・単純に外回りの配管経路を短くするため(穴掘る手間が減る+短い方が不備が起きにくい、勾配も取りやすい)。
・北玄関などで北側に水廻りがある場合で玄関側に排水管や桝などくるとかっこ悪いので、床下を通して見えにくい部分に配管する。

上記のように必ずしもミスや手抜き工事ではありません。その連絡がうまくいっていなかったように思います。分譲住宅で施工者と販売者が違う場合、販売者は施工者からもらった図面を何でもお客様に見せていて、施工者はまさかそんな図面までお客様にわたっているとは知らない。ここは変更しても大丈夫だろうという勝手な判断があったかもしれません。販売者に逐一その変更を確認すべきですが、そこまで興味を持って取り組む販売者とも限らないことがあります。
まずは、その変更の理由を確認して、本当に図面通りに直す必要があるかどうかを相談するのが良いと思います。私個人的には床下で汚水が漏れるという事象について、そうなってしまった場合は弘前さんのおっしゃる通りの状況になりますが、そうなる確率というのは限りなく低いと思います。しっかり床下に水漏れがないかをはじめに点検してもらえれば、数年後に水漏れなんてことはないんじゃないでしょうか。どうしても気になるようであれば、床下排水管のある付近に床下点検口を作ってもらい、日常的に点検できるようにするのも良いでしょう。

と言いながら逆方向のお話となりますが、基礎に開口を開けると保証がなくなるというのは少し疑問です。いろんな基準がありますが、基礎に穴を開ける場合、１００φ以上だと補強筋を入れましょうというのが多いです。排水管を７５等使用すれば補強筋が必要なくなるので、その保証会社の基準をその保証会社に確認すべきです。

上記を参考にして、どうするのが一番良いか十分話し合われて下さい。