そもそも無垢フローリングを選ばれたのは誰でしょうか？
その時に設計士やハウスメーカーであれば営業マンなりから無垢フローリングの特性について説明はございましたか？
大工の施工に問題があるのでは？と記載されておりますが、個人的には無いと思います。そもそも無垢材（木）ですので、木目に対し木材の収縮量というのはある程度決まっております（内部に含まれる水分量にも大きく左右されます）。ですので、貼り方というよりはそもそもの無垢材（木材）の水分量や木材の樹種。そして、室内の湿度や暖房の状態（場合によっては、無垢材のフローリングなのに床下側からの高温での暖房等。。。）に大きく左右されているのが大きな原因では？と個人的には思います。大工さんの技術を疑われてることから、おそらくフローリングだけではなくその他の蟠りもありそうですが。その他の技術的な関係者も含め総合的に問題点を話し合われ、訴訟等の無い様に解決されることをお勧めいたします。