「歪み」といっても、漠として判然としませんし、技術的なお話を、こまごまと、あげつらっても仕方ありません。。

まずは、「現状把握」を、当該リフォーム業者さん以外の方に、仔細に確認してみていただいては如何でしょうか？
当事者ですと、どうじても責任回避の思惑が入ります。

お腹が痛いのであれば、まずは「客観的に検査」して、状態を把握してから、薬を飲むのか、手術をするのか判断しなければなりませんよね。。

もちろん、対策にはお金がかかるかもしれませんが、検査・診断の前から、治療費の心配をしても、仕方ありません。


http://www.jshi.org/search/

　最初に確認したい点があります。いわゆる「リフォーム」についてですが、表面の「クロス」の貼り替え。から、柱だけ残してすべて「新規」のような物まで、質的な違いが無限にある。ということになります。もちろん「費用」も、様々です。わかめさんの家を、どこまで手を加えたのか？それによって回答も、数限りなく存在することになります。

　まず、基礎、土台等を改修、修繕するとすれば、床はやり直しになるでしょう。それを床はそのまま。部屋の間仕切りだけという工事であれば、ご指摘の「１」の可能性は十分に考えられます。
　次にお風呂は、ユニットバスでしょうか？それとも造作風呂でしょうか？　もしユニットバスであれば、「２」のようなことがあれば、大変なことです。赤信号です。 しかし造作風呂といわれる物であれば、施工時に基礎・土台の状況、外壁、内壁の状況をどう読み、どうのように施工したかを確認する必要があるでしょう。
　たとえば、土台、柱の腐食が確認できない状況（内部のモルタル壁を残して、とか）で、内部の改修のみのリフォームをしたとすると、これもあり得ることかもしれません。
　「歪みのせいだ・・・」と、いうことについてですが、歪むことがわかっていて、問題箇所を直さなかったというのと、問題箇所を確認・施工することが困難・不可能であったというのでは、問題が違うと思われます。
　でき得る限り、どこをどこまで、どのように修繕した上での改修か？について情報をいただければ、先が見えるかもしれません。