私も建て替えさせるという意見は少し過剰な要求だと思いますが、現場的な視点から、

・風呂場の床と脱衣場の床に20Cmの段差がありました。
→いまどきバリアフリーのユニットバスというのは当たり前なんですが珍しいですね。２階にお風呂がある形なんでしょうか。その際に梁を下げずに低床タイプのユニットバスにしたんでしょうかね。バリアフリーという約束であればやり直させるべきですが、こちらは事前にそういった説明や約束があったかなかったか。の証拠を示すことがポイントになると思います。

・寝室に介護ベットを置くと収納扉が開かず人も通り抜けがしずらい状況です。
→ベッドを置くと扉が開かない。明らかな設計ミス・確認ミスだとは思いますが、先方にベッドの正確な寸法を明示しこの辺に置きたいという要望を出したかどうかの議事録は必要になってくると思います。

・キッチンと食器棚の間の通路が図面寸法と違い車椅子が通りづらい。
→こちらは明らかに図面土地がければ是正をさせる必要がありますね。

・2階のトイレ扉だけ高さが他の扉高より異常に低い。
→こちらもそういった説明が事前にあったかどうかです。しかし、トイレの扉だけ高さが低いですよという説明があったかなかったか、と、全ての扉は高さが同じですよという説明があったかなかったかとでは意味が違ってきますね。何も議事録がなければ同じとは言っていないと逃げられてしまうかもしれません。

ただ、裁判をして建て替えとなることはまずなさそうな印象です。どの工事も致命的な欠陥が発生するとは思えません。建て替えを主張するには上記に加えて、建て替えないと致命的な欠陥が残ることを立証しないといけません。そこがおそらく難しいと思います。先方は誠実に対応を考えている状況です。何とか円満に事を進めてその後の対応もしてもらえるような関係を構築することの方が無難なのかなと思います。

ちなみにガチンコで争った場合、引っ越しが遅れた場合の補償ですが、
「要望通りの工事が完成していない！引渡遅延だ！」という見方と、
「多少不具合はあれど工事は完了している。ただ引渡金の入金がないため引渡ができない。」
という見方で、まったく被害者が逆になってしまいこれも含めて争うことになります。リスクの方が高いと思います。争うとなった場合には今予定をしている工事にはひとまず手を付けられなくなるでしょう。お互いの妥協点を探り合って、円満解決を祈っております。