はてさて困ったことですね。契約書の内容を、双方がしっかり確認していないという点が腑に落ちません。欧米社会であれば、契約書通りに建てたのですか ら、たぶん、損害賠償ということはあり得ないでしょうね。口約束に違背しているから「お金で解決しましょう」という申し出は、たいへん良心的というように も感じられるお話しではないかと思われました。

しかし、（１）そもそも申請をしていない（２）各項目の基準もまったく満たしていない　ということで、しかも口頭でもそれを約束して建てたという事実に 唖然としてしまいます。ですが、あとは当事者間の信義関係に属する問題だと思われます。差額といっても、単に設備の問題ではなく、そもそも技術レベルの問 題だと思われます。

北海道ではさかんに工務店が、「北方型住宅ECO」などの高性能住宅を建てていますが、総工事金額に占める割合といっても、特段の指標は存在しないと思 います。断熱材の値段など、グラスウールをきちんと施工する技術があれば、そう値段にはね返るものでもないし、構造については多少の木材量のアップはある でしょうが、主に掛かるのは申請手続料と、耐震等級２を満たすための設計的制約と図面の外注アップ分といったところだと思います。それらを実現するための 人件費のアップ分というのもあり得るでしょうか。あと、指標として考えられるのは、長期優良住宅の補助金、たぶん、100万円コースのことだと思われるの で、それが目安にはなるかもしれませんね。

ただ、工務店さんの姿勢は誠実そうに思われるので、長い付き合い（メンテナンスなど）を考えて、対処するほうが得策かもしれません。いずれにせよ、あなたとその会社との相対交渉のことであって、公式的なものはないでしょう。いかがでしょうか。

長期優良住宅の認定基準には、「維持管理計画」を策定する・・・という項目もあります。「構造」「省エネ」「配管などの維持管理」に関しては、直しようが無いというのが現実ですが、「維持管理計画」は現状を踏まえた上で、今後を見据えて作成する事は可能そうですね。

「維持管理計画書」とは、今後30年程度の、建物の各部位ごとに、予想される必要なメンテ内容、時期、費用などをまとめたもので、実質的な「メンテ契約書」に近いものです。

施工業者さんとの経緯は経緯とした上で、今後の「維持管理計画書」をキッチリと提出していただくのは、有益な事だと思いますよ。

すいません。。。何度も。。。（＾ｍ＾；；。まだ、使い方に慣れていないものですから。。。

大事な事を思い出しました。

長期優良住宅にする事により、税額控除が受けられます。あくまでも「控除」ですから、これは、建て主さんの収入や現在の支払い税額によって、金額は異なります。
借金をして建てた場合は「ローン減税控除の割り増し」、仮にキャッシュで建てた場合には、「所得税・住民税の特別控除」が受けられます。また、不動産取得税・固定資産税も長期優良住宅の場合、お得になります。

ザックリとですが、年収が600万円以上、あるいはローン総額が2400万円以上の場合、恩恵に預かれるはずです。（細かな計算は、税理士さんにお願いしてください。）

建物の直接的な損害金額とは別に、将来得られたであろう利益も失ったという事を申し添えておきます。