NPO住宅110番です。
う〜む、なんとも答えようのない、難しい問題です。
書かれている内容自体は、どうもそもそも「信頼関係」に属する問題のように思います。人間にはいろいろなタイプがいて、お互いに認め合う部分があってはじめて関係が成立するものだと思います。
ところが、最近、この「人間関係」の根本的部分で、他者との距離の取り方がどうも、成立していないのではないか、と感じる事例が多いように思います。これは相互的な関係性の問題なので、個人の問題、というようには簡単に言い切れない部分だと思います。
しかし、もうすでに着工して、工事も進行している段階では、なんとか信頼関係を回復させる必要があると思います。いちばん損をするのは建て主でしょう。ここは設計者とのスムーズな人間関係の構築を考え、コミュニケーションの機会を持つべきではないでしょうか？
この状態で、突っ張っていて、相手が悪いと決めつけていても、良くなるものはなにもないと思います。契約はすでに交わしていて、この段階では後戻りすれば、損害と被害意識だけが大きくなるばかりです。なによりも自分の住む家です。少しでも良くなるように、働きかけてみるしかないと思われます。冷静に相手との関係を解きほぐすように努めるべきでしょう。
書かれているような内容では、先方と契約関係について争うとか、そういう問題ではないと感じます。いかがでしょうか。

まだ、着工前だったのですね。
それならば、じっくり時間を掛けて、仕切り直しを考えた方がいいのではないでしょうか？
中途半端な気持ちで進んでいくと、取り返しが付かないと思います。
不幸は、両方に降りかかってくると思います。

多分、立場的には私がお答えすべき内容かと思って携帯を眺めていましたが、昨日まで東京出張でレスポンスが遅くなりました。ごめんなさい。

＞・わたしの場合のようなことは、よくあることですか？

設計者にもいろいろなタイプが居ますが、正直、こがめさんからの情報がそのままだとすれば、設計者としての「努力」が足りないと、感じました。

＞・こうなる前に信頼関係を築くのは施主の仕事だったのでしょうか？

お客様とのコミュニュケーションを円滑に築く能力も「設計能力」のひとつだと私は考えています。無論、普通に「相性」の問題もありますが、少なくとも「努力義務」は設計者にあると思います。

＞・契約内容／見積／図面の指摘はそんなに関係を硬直化させるものですか？

先輩から言われたことがあります。
「設計屋ってのはさ〜、図面書くだけ、デザインするだけが仕事じゃないのよ。目には見えないけどお客様の＜資産＞をお預かりして、運用するマネージャーとしての役割の方が重要なのよ」

信頼関係が充分に築かれていれば、全く「お任せ」という事もあり得ますが、前提が崩れていますので、充分に図面の内容を確認される事をお勧めします。図面というのは、あくまでも工務店との「契約内容」をわかりやすく「絵」に描いたものとお考え下さい。情報が伝達できれば、全てが文章でもいいのです。「契約内容」の説明を受けるのは、発注者の権利です。また、「発注者」の資産（お金）をどのように使うかは発注者の自由です。設計者に全てを決定する権利はありません。

医療の世界ではインフォームドコンセントとか、セカンドオピニオンとかの概念が普及しており、お客様に対する「説明義務」が重要になっていますが、住宅業界では工務店・設計事務所とも、残念ながらそのあたりの努力が足りないように思います。ここに寄せられる、大半のお悩みやクレームが、そのあたりに関わる内容です。ちゃんと事前説明さえしておけば、ほとんどはクレームにならずに済むような内容です。

設計契約は、あくまで「契約」ですから、守る義務もありますが、「解除」する自由もあります。ご契約の約款、内容がどのようになっているか、設計作業がどこまで進んでいるかわかりませんが、設計を途中解除し「監理」のみ別契約にする事も可能です。。。。。と、思えば気も楽になりますし、一度、クールダウンして、お考えになっては如何でしょうか？

それと、、、蛇足ですが、、、設計屋は「先生」などという程、偉いもんじゃないですよ。。。あくまでも「商売」ですから、「頼む方」が偉いにに決まっています。（笑）。どんな名店でも、遠慮しながら、怒られながら食べる寿司やラーメンは旨くないでしょう。こがめさんの食べたいものを、食べたいお店で、食べるのが一番旨いはずです。（＾▽＾