丸い跡が、ほぼ同じ高さ、同じ幅での並びですので、
　基礎コンクリートの打設時に使用した「セパレーター」が、もしかしたら、「Pコン」と呼ばれるものでは無かったのでしょうか・
　それは、打設後にモルタルなどで穴を埋める形状の物なので、その部分が他の部分よりも「乾燥」が遅い、あるいはモルタルの水引きが遅い・・・ということでしょう。

　さしあたりは、乾燥してしまえば、問題は無いと思われます。

もしかしたら、北海道の標準(私の考える、現状）とは、相違があるかも知れませんが、
　少なくとも、以前のご相談の写真には「Pコン」は、写っておりません。
今回の回答の時に、一応確認してから書き込みましたが、再確認しても、無いと思います。

　円錐形の頭部分が無い、台形断面の部材です。それが、プラとか、時によっては木製とかで作られています。心当たりはありませんか？

　少なくとも、Pコンであれば、乾燥すれば、再度出るようなことはありません。
もちろん、通常は考えられない、異常な何かが無いとしてです。

　ベタ基礎？土間コンの上端の高さが、写真の高さということであれば、
（北海道で考える）床下の乾燥砂・火山灰敷きと同じに考えられ、外からの浸水はないでしょう。

　床下の土間コンの表面。。。そこに水が溜まるとか、水が流れるとか・・・・の問題が無ければ、乾燥すれば「問題なし」と考えられます。

　今回の相談の写真、前回の写真を再度よく見てみました。

　考えられる事があるとすれば、・・・・・ですが、

　まず、問題の(問題視されていた）セパの形状が、最下部で中から外に水が流れる「トンネル」になっていそうです。コンクリ内部でどうなっているか？わかりませんが。
　大きな写真では、わかりづらかったのですが、(セパという言葉に先入観があって、しっかり見てなかったかも？）床面と壁との境目ですよね？(セパを床に置いている感じの施工）。通常、壁の中間の幅の確保で「セパレーター」を使用しますので。
　
　壁の中間であればともかく、土間(床）に水分があれば、セパの最下部のトンネル部分を伝って、外ににじみ出る？可能性を考えました。
　土間床が先で、それにセパを置き？壁が後打ち・・・・であれば、土間コンと壁のコンクリとの間の防水性はあまり期待できていない。可能性も考えます。

　もし、そうであったとすれば、ですが。
　問題の、床と壁の境目に「Vカット」を入れて、コーキング、及び防水モルタル。ということで、いかがでしょうか？
　（本来の防水モルタルは、外部の方が良いのですが？）

　ここで、セパを無理に撤去する。と言う考えは、キズを深める恐れがあり、お勧めできませんので、念のため。

　（栃木さん・齋藤さん・・・突っ込みは遠慮なく。よろしくお願いします）

　施工業者さんと、ご相談する参考にはなるでしょうか？